In quegli anni Burton stava già gettando le basi del suo grande progetto: il pellegrinaggio alla Mecca. Faceva tesoro di ogni tipo di informazione sui musulmani del posto, non solo per via del suo interesse accademico, ma anche perché già programmava di camuffarsi da musulmano per poter prendere parte a quel rito (permesso solo ai fedeli). Finalmente, nel 1853 la Royal Geographical Society approvò il suo piano di esplorazione dell’area e la Compagnia delle Indie gli concesse il congedo temporaneo dall’Esercito. Allora Burton aveva 32 anni, cinque libri e numerosi articoli pubblicati alle spalle. Sapeva che agli infedeli non è permesso prendere parte all’Haiji (il pellegrinaggio annuale alla Mecca, uno dei cinque pilastri dell’Islam), sapeva che non sarebbe stato il primo occidentale non musulmano a prenderne parte (il bolognese Ludovico di Varthema ci era riuscito 300 anni prima) e sapeva che se fosse stato scoperto sarebbe quasi sicuramente morto. Burton riuscì a completare il pellegrinaggio, a tornare e a pubblicare il più importante e accurato resoconto dell’esperienza che fosse mai stato scritto fino ad allora. Nonostante tutte le precauzioni (si era anche circonciso per mimetizzarsi ai fedeli) e tutta la preparazione linguistico-culturale, la pelle la rischiò eccome. C’è un episodio in particolare in cui Burton se la vide davvero brutta: venne sorpreso da un pellegrino mentre urinava in piedi, come d’uso tra gli uomini occidentali, e non accovacciato (come la tradizione islamica raccomanda di fare). Per tutta la sua vita venne perseguitato dall’accusa di aver ucciso l’uomo che l’aveva colto sul fatto per evitare che potesse riferirlo; alcuni, poi, hanno detto che egli stesso aveva spesso – in circostanze ufficiose – confessato l’assassinio.
Fu così che Burton raggiunse la fama. Quando tornò al lavoro per la Compagnia, fu rimosso dall’esercito e assegnato al dipartimento politico. Appena possibile si recò ad Aden, nell’attuale Yemen, per intraprendere da lì un viaggio verso l’entroterra somalo e oltre. Sebbene ad Aden avesse già conosciuto quello che sarebbe diventato il suo più celebre compagno di esplorazioni – il tenente John Hanning Speke – intraprese da solo la prima parte della missione. Nel 1854 si travestì da mercante arabo e si fece ospitare dal governatore di Zeila in attesa del via libera per visitare la città proibita di Harar, nell’attuale Etiopia: alla fine il nulla osta arrivò e Burton divenne il primo europeo nella storia a visitare una delle città sacre dell’Islam.