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Prime esplorazioni e il viaggio alla Mecca
Fu designato come partecipante ad una spedizione scientifica nella provincia pakistana del Sind, che gli permise di mescolarsi alla popolazione. Nei bazar veniva frequentemente scambiato per un nativo della regione e riuscì ad ingannare anche il suo insegnante di lingua locale, il suo colonnello e i suoi compagni. Le sue esplorazioni nel Sind costituirono un apprendistato per il pellegrinaggio alla Mecca, e i suoi sette anni in India crearono le premesse per la sua ineguagliata familiarità con la vita e i costumi orientali, specialmente delle classi meno agiate. Le sue indagini sulla prostituzione indiana, sia maschile che femminile, generarono grande scalpore tra i suoi conterranei.
Il pellegrinaggio alla Mecca nel 1853 rese Burton famoso. Fu un viaggio che pianificò quando si trovava ancora sotto le mentite spoglie di un afghano tra i musulmani del Sind, e al quale si preparò meticolosamente, studiando e facendo molta pratica; arrivò anche a circoncidersi in modo da diminuire il rischio di essere eventualmente scoperto.
La principale difficoltà del viaggio consisteva nel riuscire ad ingannare la gente del posto facendo loro credere che egli fosse un nativo di quelle zone: infatti, se le sue reali origini fossero state scoperte, avrebbe sicuramente perso la vita, in quanto non era (e non è) permesso ai non musulmani di entrare nell'area sacra (Ḥaram) della Mecca e, tanto più, nelle immediate vicinanze del santuario della Kaʿba. Burton si camuffò da Pashtun afghano, in modo da poter giustificare le fattezze fisiche ed eventuali difetti di pronuncia, tuttavia rimaneva da dimostrare di poter comprendere i complessi rituali islamici e di avere familiarità con i dettagli dei modi di fare orientali.
Il motivo principale del viaggio era sicuramente l'amore per l'avventura, che fu la sua più forte passione, ma era anche un viaggio con scopi di ricerca geografica, e grazie a questo fu finanziato dalla Royal Geographical Society. Sebbene egli volesse colmare un vuoto sulle mappe del tempo, l'area era scenario di guerra, e il suo viaggio si limitò alla visita delle città di Medina e la Mecca. Burton non fu il primo europeo a compiere il pellegrinaggio alla Mecca (l'onore spetta a Ludovico de Varthema nel 1503), ma il suo fu il pellegrinaggio più famoso e meglio documentato. Infatti Burton tracciò, tra l'altro, alcuni schizzi della Mecca e dell'Ḥaram.
Il viaggio è raccontato nel libro Il pellegrinaggio a Medina e alla Mecca del 1855 (che ha conosciuto continue ristampe e che è stato tradotto in italiano per la prima volta da Graziella Martina per la casa editrice Ibis nel 2009).